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Perdió por 1-0 y, aunque continuaba en la sexta posición, la derrota supuso un mazazo, ya que suponía perder casi definitivamente la oportunidad de Champions, y además Betis y Sevilla se acercaban peligrosamente. El 22 de enero, el equipo viajó a Huelva para disputar la ida de los cuartos de final de la Copa del Rey, en la que perdió 1-0 en el Colombino ante el Recreativo de Huelva con un equipo plagado de suplentes. El 23 de febrero, en la vigesimotercera jornada, perdió por 3-0 ante el Recreativo en el Nuevo Colombino.

Después del fiasco copero, el 1 de febrero, de vuelta a la liga, el Atlético venció por 3-0 al Barcelona en el Calderón, cargándose de moral para seguir adelante. Además, Jesús Gil y Enrique Cerezo debían restaurar al Atlético 236.056 acciones, un total del 98% del total, al Club; Miguel Ángel Gil y Jesús Gil debían reponer la situación contable anterior a la ficción, y también reponer al Club el importe del IVA de los contratos que se declararon ficticios. El 14 de febrero de 2003, la Audiencia Nacional dio a conocer la sentencia del «Caso Atlético»: condena a Jesús Gil a dos años de prisión por delito de apropiación indebida, y a un años y seis meses por estafa por simulación de contrato; a Enrique Cerezo, en concepto de cooperador necesario, a un año por apropiación indebida; y a Miguel Ángel Gil Marín, a un año y seis meses por simulación de contrato.

Se proyectaron diversos vídeos-homenaje y, a las 18:00, se jugó el partido de veteranos del Atlético contra el Athletic de Bilbao. De regreso a la Liga, el Atlético no dio la talla en dos salidas consecutivas: empate ante el Rayo Vallecano en Vallecas y derrota contra el Athletic de Bilbao en San Mamés. ↑ «El debut de Pep como técnico del Bayern, el 13 de julio ante un club amateur».

↑ Uniforme utilizado ante el Peñarol Lañas de España. A continuación, el 28 de enero, se disputó el partido de vuelta de cuartos de la Copa en el Calderón, donde el Atlético no pudo pasar del empate a cero ante el recién ascendido y colista de Primera. El equipo la estrenaría el 26 de abril ante Osasuna en el Estadio Vicente Calderón. El Atlético celebró su centenario el 26 de abril del 2003 con una gran fiesta popular,. El 13 de marzo de 2003, el Atlético de Madrid presentó su Centenario en la Casa de Correos de la Puerta del Sol, en un acto al que acudieron más de 800 personas.

Mantiene cada temporada una plantilla altamente competitiva y un cuerpo técnico de lo mejor pagado del mundo. A principios de los años setenta y para dar una imagen diferente a la del resto de equipos que vestían a franjas rojiblancas, el club presidido por Cándido Gómez Álvarez decidió que las rayas de la camiseta en lugar de ser verticales fuesen horizontales. Sin embargo, tres años después, en la campaña 1997-98, el equipo desciende a Segunda al quedar último en la clasificación.

El 16 de marzo, el Atlético afrontaba un partido vital contra el Celta en el Vicente Calderón, toda vez que se encontraba empatado a puntos con el equipo gallego en la lucha por los puestos europeos. Dentro de los actos del Centenario, el 26 de marzo, el Atlético derrotó al Real Madrid por 2-1 en el II Trofeo Madrid 2012. Además, Toni Muñoz fue presentado como nuevo director deportivo del Club. De regreso a la Liga, el 25 de enero, en la decimonovena jornada, camisetas de futbol baratas con nombre y numero volvió a perder por 2-1 frente a la Real Sociedad en el estadio Vicente Calderón.

De vuelta a la liga, el Atlético encadenó dos victorias consecutivas: 2-1 frente al Málaga en el Calderón y 0-1 contra el Valencia en Mestalla, y ascendió a la sexta plaza empatado con el quinto, el Celta, camisetas de fútbol personalizadas baratas y a ocho puntos de la Champions League. Era una opción muy improbable al necesitar vencer el Valencia en Balaídos al Celta y además que el Albacete, ya descendido, ganara en el Vicente Calderón al líder Atlético de Madrid.