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La clasificación corrió riesgo en cuartos cuando perdió con Atlético Nacional en el estadio Atanasio Girardot pero jugando en casa lo dio vuelta con dos goles de Gustavo López y avanzó a semifinales. En la segunda edición del certamen que reunía a todos los campeones de la Copa Libertadores, Independiente eliminó consecutivamente al Santos de Brasil, comprar camiseta a un Atlético Nacional que venía de ganar la Libertadores y en semifinales a Argentinos Juniors. En la edición de 1985 debutó en la segunda fase como campeón defensor.
Como prueba de la admiración de los directivos rayistas hacia el River Plate, aprovechando que durante la pretemporada el River fue a jugar un partido con el Real Madrid al Santiago Bernabéu, dichos directivos se acercaron a la delegación argentina, obsequiándoles con una foto del plantel rayista autografiada por los jugadores.
Hacia el minuto 25 los Bichos Colorados iban ganando 0-2, y aunque antes del final del primer tiempo logró descontar José Percudani, esta vez fue Independiente el que no pudo alcanzar el empate y quedó afuera de la copa, tirando abajo la chance de llegar rápidamente al octavo título. La segunda versión sugiere que se debe a que, a principios de 1900, ocurrió una de las mayores inundaciones de la ciudad de Santa Fe, y el «campito» donde jugaban los primeros «Colonistas» quedó bajo agua por mucho tiempo y los sábalos eran sacados por los pescadores desde la propia cancha.
En otro viaje a Japón, al año siguiente, los Rojos jugaron la Recopa contra Gremio, a partido único en Kobe, pero esta vez no le hizo frente el último campeón de la Copa Libertadores y fue goleado 4-1. Los brasileños se pusieron arriba temprano en el marcador a lo cual Independiente consiguió igualar rápidamente a través de Jorge Burruchaga, pero vivió un pésimo segundo tiempo y se llevó tres goles más.
El título lo llevó a disputar la Recopa Sudamericana en Japón contra el campeón de la Copa Libertadores 1994, equipaciones thai el Vélez Sarsfield dirigido por Carlos Bianchi. En la final llegó una revancha contra Boca luego del título perdido de 1989. Los xeneizes empezaron ganando en la Bombonera, pero dos goles de Sebastián Rambert, uno para sellar el empate, y otro para triunfar en el partido de vuelta, le alcanzaron para levantar la copa por primera vez. Los Rojos se coronaron campeones de Primera en 1989. Ese torneo contó por única vez con una regla muy particular en la que se jugaban un punto adicional los partidos que terminaban empatados, que se definían por penales.
Sin embargo, el Bayern perdió 2:0 en la final de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Inter de Milán de José Mourinho el 22 de mayo en Madrid, quedándose a un paso del triplete -que curiosamente sí completó su rival aquel día-. El camino a la victoria comenzó el 11 de mayo con el Cúcuta Deportivo, en un partido memorable por diversos motivos. Una victoria en Avellaneda ante Peñarol en la penúltima fecha lo hubiese colocado en su octava final, pero finalmente perdió y quedó afuera. En segunda fase terminó abajo de Peñarol y River Plate. En cuartos de final fue descalificado por el siempre difícil River Plate.
A su vez alcanzó los cuartos de final de la Copa Mercosur 2001, quedando afuera con el Flamengo. En los duelos de cuartos empató con Grêmio en Porto Alegre y venció por 2-0 en Avellaneda, para luego eliminar en semifinales por tercera vez consecutiva a otro grande del fútbol brasileño, el Cruzeiro, cayendo primero en Belo Horizonte y goleando por 4-0 en la vuelta con el «Palomo» Albeiro Usuriaga como figura. En la tercera fecha del torneo le propinó a Argentinos Juniors por una goleada de 8-1, siendo ésta la peor goleada recibida en la historia de Argentinos. En la Supercopa del 94′ eliminó al Santos en octavos goléandolo por 4-0, luego de perder la ida.